该作的故事世界观仍沿用《女神异闻录3》的世界观，但故事发生的时间却是在游戏结束后十年开始，围绕着神乡三兄弟，命运的齿轮再度运转……

故事发生在已经从十年前发生的“同时多发无力气症”的灾害中恢复过来的未来型新兴都市“绫刴市”。高中生的神乡慎与弟弟洵，与十年不见的长男谅，也是绫刴市的年轻警察署长再会了。那段时间，绫刴市发生了各种各样的奇怪事件。例如潜水员忽然在潜水艇中消失了身影；消失了十年的无力气症再度出现让人类社会哗然；学生以极悲惨的手法被杀害等……谅正在追察隐藏在这一系列事件中的组织。而慎也被卷进了那些事件之中，并在与敌人的战斗中有一样力量觉醒了，那就是潜藏在心中的另一个自己——persona。兄弟们的命运最终会走向何方？……